إن المصدر الرئيسي لعلم اللاهوت النظامي هو الكتاب المقدس. والواقع أن الكتاب المقدس هو المصدر الأساسي لكل فروع علم اللاهوت الثلاثة: علم اللاهوت الكتابي وعلم اللاهوت التاريخي وعلم اللاهوت النظامي.